La Sociedad de Oceanografía de Guipúzcoa fue fundada en 1908 en San Sebastián de manos de un conjunto de ilustres personajes gipuzkoanos, cuya principal misión (recogida en sus estatutos de 1908) fue la de divulgar e investigar en nuestra tradición marítima y marina.

Los comienzos de esta Sociedad fueron difíciles, pero el incansable ánimo de sus fundadores hizo que el proyecto saliera adelante, siendo una sociedad, que para la época, fue pionera en alguno de sus objetivos. Por ejemplo, fueron imprescindibles a la hora de ser un puente entre la comunidad pescadora y las instituciones gubernamentales, poniendo en valor la necesidad de crear ayudas sociales para las viudas de los marineros (los naufragios eran abundantes por aquella época), la importancia de la formación en el uso de instrumentos de navegación, en cuestiones de biología marina, en maquinaria de vapor, etc; para ello creo la Escuela de Pesca, primera en toda España, un ejemplo que se difundiría rápidamente. Además, la S.O.G. comenzó a publicar una serie de boletines oceanográficos que darían comienzo a la actividad divulgadora de la sociedad.

En 1913 se llevó a cabo un nuevo hito: La Exposición Histórico Naval Oceanográfica Vascongada que fue realizada por la S.O.G., la Sociedad Económica Vascongada de Amigos del País y la Diputación Foral de Gipuzkoa.

Entre los años 1915-1920, y tras interminables gestiones con diferentes estamentos, la Sociedad de Oceanografía de Guipuzkoa logró poner en marcha su sede definitiva, ya que las anteriores, situada una en la calle Campanario y la otra en los antiguos cines Miramar,  no fueron suficientes para la creciente actividad y proyectos que se estaban gestando. Tras varias tentativas, será en 1925 cuando comiencen las obras del emblemático edificio realizado por Juan Carlos Guerra, que pasó a llamarse Palacio del Mar-Aquarium, inaugurándose oficialmente en 1928. Este nuevo espacio sería un reflejo de la filosofía de la Sociedad, queriendo continuar con su actividad museística pero abriendo una nueva línea expositiva que sería la de dedicar una planta, de las tres que tiene este edificio, a la fauna submarina de nuestro litoral.

A lo largo de estos cien años la S.O.G. siempre ha sido la gestora del Aquarium de San Sebastián, que ya desde su apertura se ha convertido en un lugar emblemático de nuestra ciudad y de Gipuzkoa. En toda su historia ha habido momentos más brillante, y otros menos, pero lo que no ha hecho nunca la S.O.G.  ha sido traicionar a su misión y objetivos, que ya en su día hicieron de esta Institución algo singular.