El Aquarium ha ido recopilando documentación importante a lo largo de su trayectoria desde que surgió la Sociedad de Oceanografía de Guipúzcoa en 1908. Esta documentación que incluye libros y planos de temática marina, marítima y naval se recopilan y salvaguardan en el Centro de Documentación (CEDOC) del Palacio del Mar.
El CEDOC sirve de base para el desarrollo de contenidos de educación y divulgación y está abierto a la sociedad para la consulta de la información.
Recientemente el Departamento de Conservación, responsable de la gestión del CEDOC, ha adquirido una importante publicación cuyo título es "Consideraciones político-medicas sobre la salud de los navegantes, en que se exponen las causas de sus mas frecuentes enfermedades, modo de precaverlas, y curarlas. Con las conducentes instrucciones para el mejor regimen de los cirujanos de navios, que hacen viage a la America, especialmente para los de la Real Compañía Guipuzcoana de Caracas, a fin de que con mayor acierto se conduzcan, asi en el methodo curativo de los enfermos, como en el manejo de los botiquines de su cargo."
La obra, cuyo autor es D. Vicente de Lardizabal, médico de San Sebastián, y data de 1769, es un libro histórico de instrucción específicamente pensado para los cirujanos embarcados en los navíos de la Real Compañía Guipuzcoana de Caracas, aunque bien valdría para cualquier otro buque o navío. En la obra, dividida en capítulos, se recogen los principales tratamientos médicos empleados para combatir las diferentes enfermedades que podían asolar a bordo de una embarcación de aquella época.
Donostia- San Sebastián, 13 de septiembre de 2005