Gipuzkoako Ozeanografia Elkartea 1908an sortu zen Donostian, gipuzkoar pertsonaia ospetsu batzuen eskutik, eta bere zeregin nagusia (1908ko estatutuetan bildua) gure itsas eta marinel-tradizioa zabaltzea eta ikertzea izan zen.
Elkarte honen hastapenak zailak izan ziren, baina sortzaileen adore nekaezinak aurrera eragin zion proiketuari, eta elkartea garai hartan aitzindari izan zen bere helburuetakoren batean. Adibidez, ezinbestekoak izan ziren arrantzaleen komunitatearen eta gobernu-erakundeen artean zubi bat ezartzeko orduan, marinelen alargunentzako giza laguntzak sortzeko (garai hartan itsasontzi asko hondoratzen ziren), nabigazio-tresnen erabileran trebatzearen garrantzia ulertzeko, itsas biologiako gaietarako,  lurrun-makinerariarako, etab.; horretarako, Arrantza Eskola sortu zuen, Espainia osoko lehena, eta azkar zabalduko zen eredua. Gainera, GOE elkartearen dibulgazio-jarduerari hasiera emango zioten aldizkari ozeanografiko batzuk argitaratzen hasi zen.
1913an mugarri bat ezarri zen: Exposición Histórico Naval Oceanográfica Vascongada (Eusko Erakusketa Historiko, Itsasgintzako eta Ozeanografikoa), GOEk, Herriaren Adiskideen Elkarte Ekonomikoak eta Gipuzkoako Foru Aldundiak egin zutena.
1915 eta 1920 artean, hainbat estamenturekin hamaika gestio egin ondoren, Gipuzkoako Ozeanografia Elkarteak bere behin-betiko egoitza abian jartzea lortu zuen, zeren aurrekoak, bata Kanpandegi kalean eta bestea Miramar zinema zaharretan zeudenak, ez baitziren nahikoak izan haziz zihoazen jardueretarako eta jaiotzen ari ziren proiektuetarako. Hainbat saiakuntzaren ondoren, 1925ean hasi ziren Juan Carlos Guerrak egindako eraikin entzutetsuaren obrak, Aquarium-Itsas Jauregia izena hartu zuena eta ofizialki 1928an inauguratu zena. Espazio berri hau Elkartearen filosofiaren isla izango zen, bere museo-jarduerekin jarraitu nahi baitzuen, baina erakusketen arloko ildo berri bat ireki nahi izan baitzuen, eta eraikinaren hiru solairuetatik bat eskaini nahi izan zion gure kostaldeko itsas faunari.

100 urte hauetan zehar, GOE beti izan da Donostiako Aquariumaren kudeatzailea, eta bere hastapenetik gure hiriko eta Gipuzkoako leku ikusgarria izan da. Bere historian une bikainak eta ez hain bikainak ere izan ditu, baina GOEk inoiz ez die bere misioari eta helburuei traiziorik egin, hasieratik Erakunde berdingabea bihurtu baitzen.